Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTCTATTTGTTTGCTATGATTTGATACGGGCAGACATTGTTCTTGAACTAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCTTTCCCGTATCTATTGCAGgtttgcatttattttatgctgctaatttgtatcacctgtagttagaattttatgtttcatgattcaatgtgattcagctagctattgatttgtaaaacaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G42560.1
intron # 28
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G42560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 28
lower sequence: AT3G11130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 28
ATGTCTATTTGTTTGCTATGATTTGATACGGGCAGACATTGTTCTTGAACTAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCTTTCCCGTATCTATTGCAGgtttgcatttattttatgctgctaatttgtatcacctgtag---ttagaattttat--gtttcatgattcaatgtgattcagctagctattgatttgtaaaacaa
|||||| ||||| || ||||| || || ||  ||||| ||| ||| ||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||      |  |   || |    |||       |||||  |   |  |||   ||        |||||  | | |  || | |  |  |||  ||  | | |   
ATGTCTCTTTGTCTGTTATGACTTAATCCGACCAGACGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAATATGATCGACTTTGCCTTCCCGTATCTCCTCCAGgtaatttatcctccaatccctaaaataccctctacctgatgagataggaaccatactgacgctatgatcaactctctttgatcccgtcattttttcttcacag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7327210|gb|AW620932.1|AW620932
EST:     TAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCCTTCCCATATCTATTGCAG                         TTTATTCGTGAGTACACTGGCAAAGTCGATGAACTAGTGAAGGACAAAATT
genomic: TAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCTTTCCCGTATCTATTGCAGgtttgcattt ... gctgttgtagTTTATTCGTGAGTACACTGGCAAAGTCGATGAACTGGTGAAGGACAAAATT
EST: gi|192334749|gb|FK025254.1|FK025254
EST:     TAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCTTTCCCGTATCTATTGTAG                         TTTATTCGTGAGTACACTGGCAAAGTCGATGAACTGGTGAAGGACAAAATT
genomic: TAGCTTGGATGCACAATATGATTGACTTTGCTTTCCCGTATCTATTGCAGgtttgcattt ... gctgttgtagTTTATTCGTGAGTACACTGGCAAAGTCGATGAACTGGTGAAGGACAAAATT