Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCTTAGCTTTGTCTGAGAGCAAACCTTTACCTGGATTGTGTGGCAGTGGTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattattttatttccattcttcttaaaataatgtgttcactttggagtatagggtgtcctcaaaagtaagatagctgccttgtgacacctagttttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G02400.1
intron # 26
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24135420|gb|BU925930.1|BU925930
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|192316676|gb|FK009361.1|FK009361
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|58019392|gb|CX706134.1|CX706134
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|21887507|gb|BQ740720.1|BQ740720
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|15814532|gb|BI786807.1|BI786807
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|26057754|gb|CA800668.1|CA800668
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|192316471|gb|FK009296.1|FK009296
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|22933686|gb|BU550825.1|BU550825
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|192312529|gb|FK005001.1|FK005001
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|37997295|gb|CF808884.1|CF808884
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|192312514|gb|FK005000.1|FK005000
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
EST: gi|22929414|gb|BU546553.1|BU546553
EST:     GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTNNNGATATGCACATGAGCAG                         GTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA
genomic: GTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattatt ... tttgttgcagGTGTGTGCAAGCGTGTCATCAGAGTCAACAAATATGAATGAGCTACTCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGCTTAGCTTTGTCTGAGAGCAAACCTTTACCTGGATTGTGTGGCAGTGGTGACATTCGTCCCTTAAAGATGGATGATTTTAGATATGCACATGAGCAGgtatattattttatttccattcttcttaaaataatgtgttcactttggagtatagggtgtcctcaaaagtaagatagctgccttgtgacacctagttttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagtaa