Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTCCGGTAATGCCGTTGAAGAATCACTTGACCGATTACCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggcctaggttaggttaacctttgctgcactggcatggaattgtttttgtagttatcgttgtagaacttgagaatggccataattggagatatctga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G04180.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G04180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv05s0077g00470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 26
GGCTTCCGGTAATGCCGTTGAAGAATCACTTGACCGATTACCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggcctaggttaggttaacctttgctgcactggcatggaattgtttttgtag--ttatcgttgtagaa----cttgagaatggccataattggagatatctga-
|||| | |||| |||   ||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| || || | |||||||| |  |        || ||| |||    |||  |     |  | |    |    || | | | | ||     |  | ||     |  ||  |  |||  ||| 
GGCTGCTGGTAGTGCTTCTGAAGAAGCTCTTGACCGGTTACCAACATCTGCTACTTGCATGAATCTCTTAAAGCTTCCACCATACAGAAGgtttgtctca-------ctatcctctgcacagctgaaacaagttcttatgccaaagcctaacatggaaaaaaaaattataaaagaaaaaagatcagtaatagatgag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151406815|gb|EV276630.1|EV276630
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggccta ... catgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
EST: gi|31464398|gb|CD406426.1|CD406426
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACCAG                         CAAGGAGCCATTGGAAACCCAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggccta ... catgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
EST: gi|11274331|gb|BF324699.1|BF324699
EST:     CTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
genomic: CTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggccta ... catgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
EST: gi|22523339|gb|BU082150.1|BU082150
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggccta ... catgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
EST: gi|58020074|gb|CX706816.1|CX706816
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttggccta ... catgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCTGATGCTGG