Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAATCTTGTCACCTTGCATGGATATGCTCTTACTCCCTATGGAAATCTTCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATGgtaatgttgctgaactgctagcagtctcttgattgaattagtagatgattttgaaattatttgttgcaagtgttacttcaaatctatatatattacattgttctgatgctgtaattgtcttatgacacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38730.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G38730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: AT5G62230.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 23
AGAAATCTTGTCACCTTGCATGGATATGCTCTTACTCCCTATGGAAATCTTCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATGgtaatgttgctgaactgctagcagtctcttgattgaattagtagatgatt---ttgaaattatttgttgcaagtgttacttcaaatctatatatattacattgttctgatgctgtaattgtcttatgacacag
|||||  | |||| |||||||||||||||  |  ||||   ||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |     ||||        | | ||| || |||| ||  | ||||   ||| |  ||   | |  || ||||  || |  | ||| | | ||  |  |                              
AGAAACATAGTCAGCTTGCATGGATATGCCTTGTCTCCTACTGGCAACCTTCTTTTCTATGACTACATGGAAAATGGATCACTTTGGGACCTTCTTCATGgtaagttcttctaact--------ttttttggttcaatttgtgaaagattgatttgcagataaacggtaaaaatgtt--ttgatttttattt-tcttgaaaag------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12773045|gb|BG237972.1|BG237972
EST:     TCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATG                         GTCCTTTGAAGGTGAAACTTGATTGGGAAACTCGCCTGAGGATTGCTGTTG
genomic: TCTTTTCTATGACTATATGGCGAATGGCTCACTGTGGGATCTTCTACATGgtaatgttgc ... tatgacacagGTCCTTTGAAGGTGAAACTTGATTGGGAAACTCGCCTGAGGATTGCTGTTG