Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTCCGGTAATGCCGCTGAGGAATCACTTGACCGATTACCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtcctaggctaggttaacctttgcaatagtatttgttgtagtagtttttgctcattcttttaaactattttccctgacaaatatgttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G36390.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G36390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: AT3G17205.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 25
GGCTTCCGGTAATGCCGCTGAGGAATCACTTGACCGATTACCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtcctaggctaggttaacctttgcaatagtatttgttgtagtagtttttgctcattcttttaaactattttccctgacaaatatgttgcag-------------------------------------
|||| |||||| |||   | | |||||| ||||  || |||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||||||    ||    || || |    |  |  ||    ||  ||  ||   |  ||     |||    ||  | ||         ||| |                                      
GGCTGCCGGTAGTGCGAGTAATGAATCAGTTGATAGACTACCGACATCAGCCACTTGTATGAATCTTCTTAAGCTTCCGCCCTATCAAAGgtttgtcctctcataacacaaactctttggttttgcttagc-taagagacttgttttgttgcc--aaatagcttctcttggtgttgtaattggaaaaagcaaataaagcatgtcttgttgttaatgatgcag

upper sequence: GLYMA07G36390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv05s0077g00470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 26
GGCTTCCGGTAATGCCGCTGAGGAATCACTTGACCGATTACCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtcctaggctaggtta-acctttgcaatagtatttgttgtagtagtttttgctcattcttttaaactattttccctgacaaatatgttgcag-----
|||| | |||| |||  |||| ||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| || || | ||||||||||  |   |    |  ||   || || |   | |  ||    ||  |   |          ||| |||        | | ||  ||   ||     
GGCTGCTGGTAGTGCTTCTGAAGAAGCTCTTGACCGGTTACCAACATCTGCTACTTGCATGAATCTCTTAAAGCTTCCACCATACAGAAGgtttgtctcactatcctctgcacagctgaaacaagttcttatgccaaagccta-acatggaaaaaaaaattataaaagaaaaaagatcagtaatagatgag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|214004710|gb|DB988996.1|DB988996
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|254336986|gb|GR843165.1|GR843165
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|16343557|gb|BI969152.1|BI969152
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|193548679|gb|FK505798.1|FK505798
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|208194005|gb|GD989822.1|GD989822
EST:     GGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: GGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|208195226|gb|GD990427.1|GD990427
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|6746651|gb|AW317169.1|AW317169
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|6667616|gb|AW279067.1|AW279067
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|10255001|gb|BE822767.1|BE822767
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|6913262|gb|AW394792.1|AW394792
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCGATGCTGG
EST: gi|151405150|gb|EV274964.1|EV274964
EST:     CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAG                         CAAGGAGCAATTTGGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCCCGATGCT
genomic: CCAACATCGGCTACTTGTATGAATCTACTAAAGCTTCCGCCTTATACAAGgtttgtccta ... tatgttgcagCAAGGAGCAATT-GGAAACCAAATTACTGTATGCCATAAATGCC-GATGCT