Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACTTCTACTTGCAAGAACATCCTGATATTTTAAATGATCTTCTTAATGTACTTGCCCTACGTGTGGACCACACCCGTGTTGTGGATATAATGCGGAAGgtctgtatgtctcagtctgttttctaatgtgttaagtcttaatcttattttggtgaggttaataaccgttcgaaaatattttatgcaatattcttatttgttgcttgattttttatggtttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G39360.1
intron # 25
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G39360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
lower sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 25
TCACTTCTACTTGCAAGAACATCCTGATATTTTAAATGATCTTCTTAATGTACTTGCCCTACGTGTGGACCACACCCGTGTTGTGGATATAATGCGGAAGgtctgtatgt---ctcagtctgttttctaatgtgttaagtcttaatcttattttggtgaggttaa-----taaccgttcgaaaatattttatgcaatattcttatttgttgcttgattttttatggtttttag
 ||||||||| |||| |||||||||||| || | |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||   || | ||| || | | |||  |   |   |   ||| |||| ||| |   ||     |||  |||  |||||  |||   ||||  | |  | || |   |||| | || ||| ||| ||
GCACTTCTACCTGCAGGAACATCCTGATCTTATTAATGATCTCCTTAATGTGCTTGCTCTTCGTGTGGACCACACTCGGGTTGTTGACATAATGCGAAAGgtctgcatgtttgcttactct-ttatgtgatggatattgctgtgtgcttcttttagtgggaacaaatgattaaaagtttaaaaatggttttgtcaatggtatcttatgct-tatgatctctt-tgggtttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193715147|gb|FK649794.1|FK649794
EST:     TACTTGCCCTACGTGTGGACCACACCCGTGTTGTGGATATAATGCGGAAG                         GCTGGCCACATTCGATTGGTTAAGCCGTACTTGATTGCAGTTCAAAGCAAT
genomic: TACTTGCCCTACGTGTGGACCACACCCGTGTTGTGGATATAATGCGGAAGgtctgtatgt ... tggtttttagGCTGGCCACATTCGATTGGTTAAGCCGTACTTGATTGCAGTTCAAAGCAAT