Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAATCTATTTATGAACGTGAGTGTGGAAACATGCCTGGCTTCGCTGTTTATTATAGATATCCAAATAGTCAGCGAGTTACATATGGGCAGTTCATTAAGgtaagttgtagtgtatgctggtttaaactggtgtgaattatcaatgattgattgttaaaactaaatgtgatcatgaataaattttagaaaaatgtttccc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G05320.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G05320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT1G24706.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 27
TGAATCTATTTATGAACGTGAGTGTGGAAACATGCCTGGCTTCGCTGTTTATTATAGATATCCAAATAGTCAGCGAGTTACATATGGGCAGTTCATTAAGgtaagttgtagtgtatgctggtttaaactggtgtgaattatcaatgattgattgttaaaact------aaatgtgatcatgaataaattttagaaaaatgtttccc---------------------------------------------------------------------------------------------
 |||||  | ||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || || || ||||| || |||| ||| || ||  | |||||  |   |  ||    |||  ||  |    | | | || |    |  | |   ||  ||||      || | | |      ||||| | |||||   | ||   |                                                                                             
AGAATCAGTCTATGAACATGAGTGCGGAAACATGCCAGGGTTTGCTGTTTATTATAGATACCCGAACAGCCAGCGTGTCACATTTGGACAATTTGTGAAGgtttgaaattctgatccctgacttgtatatctattacttttagtcgtataaactttttaacttgtctcaagttttaggtgatataaactctagaactgtcttctacagtatttagctatcacgtgttctgcttcaattaatggtaacaaagtcttgttccttctgtgtttcatgtctgtttcatctgttgatctgaaag

upper sequence: GLYMA08G05320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: Vv01s0011g06090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TGAATCTATTTATGAACGTGAGTGTGGAAACATGCCTGGCTTCGCTGTTTATTATAGATATCCAAATAGTCAGCGAGTTACATATGGGCAGTTCATTAAGgtaagttgtagtgtatgctggtttaaactggtgtgaattatcaatgattgattgttaaaactaaatgtgatcatgaataaattttagaaaaatgtttccc
|||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||       ||  |   |   |   | | |    | |     |||   |  |  || | |||    |||| |  |  |  |    | ||  |    
TGAATCAATATATGAACGGGAGTGTGGGAACATGCCAGGCTTTGCTGTCTATTATAGATATCCTAACAGTCAGCGTGTCACATATGGCCAGTTTATTAAGgtgagtgagcccctagacacttaagagtcgatattgcctttgtgaaatttccttgttgaattgaatagattcattagcagttcattttcacattctgatt