Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGCCAAATTGCTATGCCAGGATCATGAGTGTTGGTGACGACGAGAGCCGGATTGTACTCATTGCTAAGACTAACGTGGTTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctctctttgtgtgtgtgtgcatgtgttgtagcatgcatgttctgtatagttgatgctggttgttttggtttgggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G13330.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G13330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT5G53430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 22
GTATGCCAAATTGCTATGCCAGGATCATGAGTGTTGGTGACGACGAGAGCCGGATTGTACTCATTGCTAAGACTAACGTGGTTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctctctttgtgtgtgtgtgcatgtgttgtagcatgcatgttctgtatagttgatgctggttgttttggtttgggcag
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| ||||| |  || | | || | || ||||||||||||     || || | | ||    |   |    | |  |       |||  |  |  |||   ||| ||| |  ||||  ||||
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTAGGAGATGACGAAAGTCGGATTGTTCTGATTGCCAAGACCACTGTAGCTTCCTGCGAGGAGTTAACgtatacacatcactctct-tgaacataattcaagtatcaccctttgattcactgaatatgaca-tggctgtgtgtgtttttgcag

upper sequence: GLYMA06G13330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
GTATGCCAAATTGCTATGCCAGGATCATGAGTGTTGGTGACGACGAGAGCCGGATTGTACTCATTGCTAAGACTAACGTGGTTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctctctttgtgtgtgtgtgcatgtgttgtagcatgcatgttctgtatagttgatgctggttgttttggt--ttgggcag--------------
||   || || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| || || | ||| || |||||| |||||||||  ||| ||| ||| | | | |   | | |    |||||    || |||  | || |||    ||   | |    ||   ||               
GTGCCCCCAACTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTGGGTGACGATGAGAGCAGGATTGTTCTTATTGCTAAGACCAATGTCGCTGCTGGCGATGAGCTAACgtatgcatctatctctgtctctctctctctctctcagtgcatgtgctttgtgt-catttaatggaattttcatagacaattaaacaagagaaaaatggtat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208314326|gb|GE111744.1|GE111744
EST:     CGGATTGTACTCATTGCTAAGACTAACGTGGTTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCGTG
genomic: CGGATTGTACTCATTGCTAAGACTAACGTGGTTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCGTG