Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTCGGTGATGAGGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctggttgttttggtttgggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41500.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: LOC_Os01g46700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 22
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTCGGTGATGAGGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctgtgtgt---gtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgt------gcatgttctttatagttga-----tgctggttgttttggtttgggcag
| |  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||  || ||  ||||||| || ||| ||||||||||  |    |     |   |    |   |       || | | |  |      | | || | | ||   | |     || | | |   |   ||| |    
GCACTCCAAACTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTGGGGCATGACGAGAGCCGTATTGTCCTAATCGCCAAGAAAAATGTCTCTGCCGGCGAAGAGCTAACgtatgttgcaaaatacaaagcttatttctttatcttagcatagctgcaactcagaaaggaagtacataatgactaaccatgtgtttgcttcctaaatttag----

upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: AT5G53430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 22
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTCGGTGATGAGGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctggttgttttggtttgggcag
||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || || |||||||| || || || ||||| |  || ||| || | || ||||||||||||     |   | | |     | |       || ||||||   | ||    |||  |  |  |||   ||| ||| |  ||||  ||||
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATTATGAGTGTAGGAGATGACGAAAGTCGGATTGTTCTGATTGCCAAGACCACTGTAGCTTCCTGCGAGGAGTTAACgtatacacatcactctct-tgaacata---attcaagtatcaccctttg---attcactgaatatgaca-tggctgtgtgtgtttttgcag

upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
GTATGCCAAATTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTCGGTGATGAGGAGAGCCGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctctgtgtgtgtgcacgcgtgcgtgcgcatgtatcagtatgtgcatgttctttatagttgatgctggttgttttggt--ttgggcag--------------
||   || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||| || || |||||||| || || ||||| || |||||| |||||||||  ||| | | |||       |   |     | | |||||   ||    || | |  | || |||    ||   | |    ||   ||               
GTGCCCCCAACTGCTATGCAAGGATCATGAGTGTGGGTGACGATGAGAGCAGGATTGTTCTTATTGCTAAGACCAATGTCGCTGCTGGCGATGAGCTAACgtatgcatctatctctgtc------tctctctctctctctcagtgcatgtgctttgtgt-catttaatggaattttcatagacaattaaacaagagaaaaatggtat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51345213|gb|CO985946.1|CO985946
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTANNACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGANNAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
EST: gi|193518211|gb|FK473570.1|FK473570
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
EST: gi|51336033|gb|CO979899.1|CO979899
EST:     CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAAC                         GTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG
genomic: CGGATTGTACTCATCGCTAAGACTAACGTGGCTGCCGGTGATGAGTTAACgtatgtctct ... gtttgggcagGTATGACTACTTGTTTGATCCTGATGAGCCAGAGGAAAACAAAGTCCCATG