1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
AAAGAAGTTGGACCGCTACAAGAATCCGTGGCTAGAGTTGAAGATACAGTATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G10370.1 |
intron # | 22 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGEST: gi|58023312|gb|CX710053.1|CX710053
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTG
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|10238767|gb|BE807655.1|BE807655
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|193422520|gb|FK387599.1|FK387599
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAACGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGGAACTGGGGATGAGEST: gi|207726112|gb|GD701456.1|GD701456
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGG-AACTGGG-ATGAG
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|57575241|gb|CX548216.1|CX548216
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|192313279|gb|FK005051.1|FK005051
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|5666886|gb|AI930922.1|AI930922
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGCGCACAAACTTGGCTATGGGAACTEST: gi|31561349|gb|CD487187.1|CD487187
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACT
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATGTGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|18692734|gb|BM521582.1|BM521582
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|7796461|gb|AW781858.1|AW781858
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|7589626|gb|AW705396.1|AW705396
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCAEST: gi|192299915|gb|FG991789.1|FG991789
genomic: ATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
EST: AAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATG ATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAG-CA
genomic: AAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattt ... aaatttacagATATGCATGGTGCACAAACTTGGCTATGGGAACTGGGATGAGTTAAAGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAAGAAGTTGGACCGCTACAAGAATCCGTGGCTAGAGTTGAAGATACAGTATGGGCAAAACAAAGGGAAGTTGTACAATGAAGAATGTGACAGATTCATGgtacaaattttatgtctttcaattttttttttctttctaggtctagctccatcatccttctatcggtttctaaaaaaattgctataaatttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA