Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCTGATATCAGGTTCACTTGACAGCTTGGATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctttggcatttatgtgcatttagttagtaaggaacaactggatgtgtttgttgcctcattttaaactgcaacaagatcctcatgaggatttgt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G36390.1
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G36390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 22
lower sequence: Vv05s0077g00470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 23
CTTCTGATATCAGGTTCACTTGACAGCTTGGATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctttggcatttatgtgcatttagttagtaaggaac---aactggatgtgtttgttgcctcattttaa-actgc-aacaagatcct-catgaggatttgt
|||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| || ||     ||||||| ||||| || ||||||||| |||||||  || | |||||| ||||    ||  |   ||||      |  || |    |          |||| || |||     | ||| | | |  || | |    
CTTCTGATATCAGGTTCACTTGATGGCTTGGATGTTGATGACCTACGATCTAATACCAATTATGCTGGTGGCTATCATAGTgtaagttctcttgcattt-tgtg-gcctacctgaaaaggtgtctaatatgaaataatacagcattgtatttgaatactcttggctagagcttgccagatggt----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151409670|gb|EV279478.1|EV279478
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAG-AG-CTATCATGGT                         GAGCATTATGTTTATGGAGATGTTTTGGGA-GTTCTCAAAG-CTTT-CGCT
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTT-ATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACT
EST: gi|254336986|gb|GR843165.1|GR843165
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGT                         GAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
EST: gi|16343557|gb|BI969152.1|BI969152
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGT                         GAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
EST: gi|6746651|gb|AW317169.1|AW317169
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGT                         GAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
EST: gi|6913262|gb|AW394792.1|AW394792
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGT                         GAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
EST: gi|151405150|gb|EV274964.1|EV274964
EST:     ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGT                         GAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG
genomic: ATATTGATGATCTGCGGCTGCATACCAACTATGCAGGAGGCTATCATGGTgtaagacctt ... cttctgatagGAGCATTATGTTATGGAGATGTTTTGGGAAGTTCTCAAAGGCTTTTCACTG