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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATAAAGTCAACTAGCAGACTTCGAGATGCATTACTTCCAAATGATGAACCGAAGTTGGCGATCCCCCTGTTACAGCTTATTGCTCAACATTGTTCTTTgtaagctcataaacttaaatatgttagaactaatgatcaaggttctattctcaaaatttaatgtttttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34330.1
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G34330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 22
lower sequence: AT1G24706.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 23
TGATAAAGTCAACTAGCAGACTTCGAGATGCATTACTTCCAAATGATGAACCGAAGTTGGCGATCCCCCTGTTACAGCTTATTGCTCAACATTGTTCTTTgtaagctcataaacttaaatatgttagaactaatgatcaaggttctattctcaaaatttaatgtttttgcag-------------------------------
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TTATCAAATCATCAAACCGTCTACGAGATTCGTTACTTCCAAATGATGAACCAAAGTTAGCTATCCCCCTTTTGTTACTTATCGCGCAGCATCGTTCTCTgtaagtagacaaatctgaacac-tcaaaattgtttgaca--ttttagaagtgtgcattaattgtttgcatagagcatacacgtctttactggagcaggatgca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151401182|gb|EV270996.1|EV270996
EST:     CCGAAGTTGGCGATCCCCCTGTTACAGCTTATTGCTCAACATTGTTCTTT                         GGTTGTCATCAATGCAGATGCACCCTACATTAAAATGGTTAGTGAGCA-TT
genomic: CCGAAGTTGGCGATCCCCCTGTTACAGCTTATTGCTCAACATTGTTCTTTgtaagctcat ... gtttttgcagGGTTGTCATCAATGCAGATGCACCCTACATTAAAATGGTTAGTGAGCAATT