Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatttatttccttgggtttttatgatgacttaaaaggacttttccagatctacaatatttatttcaatactgcaatcatggagattgattagat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G37610.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G37610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 21
lower sequence: AT3G01310.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 24
GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttattt-----atttccttgggtttttatgatgacttaaaaggacttttccagatctacaatatttatttcaatactgcaatcatggagattgattagat
 || ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||      | ||  | | |||  |    |  |||      | |||    ||   |  || | || | | |    | |                   
CCGATTTGACATCACACAGATTCCGGATGTTTACGATTCATGCAAgtaagttgtttttagtgtatctctagatttacacctagctttagttactcgtttttgaataagccgtaat-atgttattctcaccag------------------

upper sequence: GLYMA09G37610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 21
lower sequence: AT5G15070.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 24
GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatttatttccttgggtttttatgatgacttaaaaggacttttccagatctacaatatttatttcaatactgcaatcatggagattgattagat----------------
||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||| ||| | |||   |   || |  |||||| ||   ||    | || ||||     ||  ||  || | |    | ||  |  | ||    |  ||                
GCGGTTTGACATTACGCAGATTCCTGATGTTTACGATTCATGCAAgtaagctatgtgtttaagtctattatgttgatgattt---agtgtgtatctagat---tgatccttgctttagtttctccattcttaatatatcgtgaatgtgttgtcaacaccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120531780|gb|EH259913.1|EH259913
EST:     GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAA                         ATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
genomic: GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatt ... cacattacagATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
EST: gi|10237535|gb|BE806423.1|BE806423
EST:     GCGTTTTGACATCACTCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAA                         ATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
genomic: GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatt ... cacattacagATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
EST: gi|19348846|gb|BM893378.1|BM893378
EST:     GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAA                         ATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
genomic: GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatt ... cacattacagATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
EST: gi|15203141|gb|BI425909.1|BI425909
EST:     GCGTTTTGACATCACTCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAA                         ATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT
genomic: GCGTTTTGACATCACCCAAATTCCTGATGTCTATGATTCATGCAAgtaagttatt ... cacattacagATATGATCTCTTGCATAATGCTCATCTTAATCTAGAAGGATTGGATGAGCT