Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTTGATTACGAGCTTATTCCGAAAATATCTGACTTTGGTTTGGCCAAATTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatcaatacttcataatattgtattcgtttcatgattttttttctataatttatttatggattggtctcatttttattttaattaattttatactgcccatttactcaaattcttatcatgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G25600.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23728830|gb|BU762479.1|BU762479
EST:     TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
EST: gi|38192751|gb|CF921957.1|CF921957
EST:     TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
EST: gi|254339252|gb|GR847969.1|GR847969
EST:     TGGCGGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGG-CACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
EST: gi|51343392|gb|CO984125.1|CO984125
EST:     TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
EST: gi|151405104|gb|EV274918.1|EV274918
EST:     TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCAGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
EST: gi|151405455|gb|EV275269.1|EV275269
EST:     TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAAT                         TGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC
genomic: TTATATGATGATAAAAAGACCCATATAAGTACCGGTGTGGCGGGGACAATgtgagtcatc ... tatcatgaagTGGATATCTTGCACCGGAGTATGCCATGCGTGGCCACCTTACAGAGAAAGC