Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGTGGAGAAACAGAGGTATCCGGATCTCCTACAGAGAAGGCTATTCTTTCATGGGCAGTCAAGgtactcttgctgattttttttttcttgtattttttttttctgatcaccccctccattaatctgttgattttgaagctgaactcatttcaatatggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G23760.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G23760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 21
lower sequence: Vv09s0018g02130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
------GATGGTGGAGAAACAGAGGTATCCGGATCTCCTACAGAGAAGGCTATTCTTTCATGGGCAGTCAAGgtactcttgctgattttttttttcttgtattttttttttctgatcaccccctccattaatctgttgattttgaagctgaactcatttcaatatggcag
      |  |  | | |||  ||  | || |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| | | | ||         |      |||| | |  || ||  ||  |    |  |     ||||| |||  ||    |   || ||  ||| ||||
GGTGGTGGAGAAGAAAAAATGGAAATTTCTGGATCTCCTACAGAAAAGGCTATCCTTGCTTGGGCAGTCAAGgttcccctacta------cctgaaacatattatctccttttgg-catgcatatctatgtcaagttgacttt--agtc--atctatatccttattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207809806|gb|GD782748.1|GD782748
EST:     AGGTATCCGGATCTCCTACAGAGAAGGCTATTCTTTCATGGGCAGTCAAG                         TTGGGTATGAATTTTGATGTTATAAGATCAAATTCAACAGTTCTCCATGTC
genomic: AGGTATCCGGATCTCCTACAGAGAAGGCTATTCTTTCATGGGCAGTCAAGgtactcttgc ... aatatggcagTTGGGTATGAATTTTGATGTTATAAGATCAAATTCAACAGTTCTCCATGTC