Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCCTACAAGCGGAGTAACAATTGGTTACCTCCTCCATGGGCAATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatcactttctaaaatcttttaactttgatttttttaatgtttcattggacactattaaactgcagactctatgaatttaattattgtttcattggacactttttcccagcagtttaataattaaatttgttgacttacatgtgaaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G13380.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G13380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv10s0116g00930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GAGGCCTACAAGCGGAGTAACAATTGGTTACCTCCTCCATGGGCAATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatcactttctaaaatcttttaactttgatttttttaatgtttcattggacactattaaactgcagactctatgaatttaattattgtttcattggacactttttcccagcagtttaa-taattaaatttgttgacttacatgtgaaacag
|||||  ||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||  | ||||| || ||||| |||||| | || ||||||||| |    |     || |   | ||| | | ||| |||| |||  ||    |  | || |||  || |   |||    |||| | | || ||   ||      |  || ||  || ||||| || ||   | |  |||                
GAGGCTCACAAGCAAAGTAGCAACTGGTTACCTCCTCCATGGGCAATTGTTGCAATGGTTGTCCTTGGCTTCAATGAGTTTATGCTCCTTCTAAAgtaagttaagcacatcaaga--gtataaatatcattattttcatgagtctcatgttattagtaacttggaagttctt---atttcactgttcttatttt----tttccttacctccaatttaactattttgctcttctgaacag------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254324397|gb|GR833822.1|GR833822
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|254324398|gb|GR833823.1|GR833823
EST:     TTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: TTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|58021487|gb|CX708228.1|CX708228
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|12689756|gb|BG156092.1|BG156092
EST:     GGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AGATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: GGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|31456933|gb|CD398961.1|CD398961
EST:     AATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: AATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|57575891|gb|CX548862.1|CX548862
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|21889070|gb|BQ742283.1|BQ742283
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|58025332|gb|CX712073.1|CX712073
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|19271184|gb|BM887440.1|BM887440
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AGATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|298194599|gb|HO043071.1|HO043071
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
EST: gi|6134477|gb|AW132870.1|AW132870
EST:     ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGATGCTACTAAA                         AAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC
genomic: ATAATGGCAATGGTCATACTTGGTTTTAATGAATTTATGTTGCTACTAAAgtaaatatca ... tgtgaaacagAAATCCTCTCTACCTGATGTTTATATTTGTTGCCTATCTACTCGGAAAGGC