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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCATCGGGTGAGATATCATCTATTATGCTATGGGATGTTGATAAAGAGCAGCTTGTCAATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTGgtaagcctcatctttgagccaaatattgtcatgacaactaaccagaggttatacttttaagttgttttccaagacatttgagccaaatactgtttgaggt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41510.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9819346|gb|BE554859.1|BE554859
EST:     AATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTG                         GCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT
genomic: AATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTGgtaagcctca ... tatgtttcagGCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT
EST: gi|15201009|gb|BI424645.1|BI424645
EST:     AGCTTGTCAATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTG                         GCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT
genomic: AGCTTGTCAATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTGgtaagcctca ... tatgtttcagGCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT
EST: gi|8282914|gb|BE020475.1|BE020475
EST:     AGCTTGTCAATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTG                         GCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT
genomic: AGCTTGTCAATTCTAAATCTTCATCATCAGATTGCAGTGTCTCAGCATTGgtaagcctca ... tatgtttcagGCTGCATCTCAAGTTCATGGGGGACAATTTACAGCTGGTTTCATAGATGGT