Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatatatatatatatatatatatatatagcaaatgcttgtaaggtttattatgtgcaaaccattatttttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G15200.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G15200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 21
CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatat-atatatatatatatatata-tatagcaaatgcttgtaaggtttattatgtgcaaaccattatttttt
      ||||| || || ||||| || ||||||||||||   ||  ||    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |  |       |   |  |   |     || | || |   |||  | | |  | |   ||| |  || |   || ||||     |||           
------CTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGGTAAGGgtagcaccttagcagctctagctatcatgacattttcttatgaagaaaacacaatgaataca-gttatacttgttattcatgaacag---------

upper sequence: GLYMA09G15200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv12s0055g00610.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatatatatatatatatatatatatatagca-aatgcttgta---aggtttattatgtgcaaaccattatttttt
      ||||| || || ||||| || ||||||||||||   ||  ||    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||  | |   |  |||    || |   |||    | || |   |||  | | | || ||||  |  |   | | |||||||      ||           
------CTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGTAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGGTAAGA-

upper sequence: GLYMA09G15200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 46
CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatatatatatatatatatatatatatagcaaatgcttgtaaggtttattatgtgcaaaccattatttttt
||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||   ||  ||    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | |     ||      |||    ||    | || |   ||   | | | |   ||| |   || ||||  ||||     |||           
CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagagttagcaccttagcagctctagccatcgtgacattttcttaagaaaacaaaatgaatacagttatggtt-gttattcatgaacag---------

upper sequence: GLYMA09G15200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv12s0055g00580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 21
CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatatatatatatatatatatatatatagcaaatgcttgtaaggtttattatgtgcaaaccattatttttt
||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||   ||  ||    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | |     ||      |||   |||    | || |   ||   | | | |   ||| |   || ||||  ||||     |||           
CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagagttagcaccttagcagctctagctatcgtgacattttcttaagaaaacaaaatgaatacagttatggtt-gttattcatgaacag---------