Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGCCAATTTGGACTTGTGGTATATGCTACTGAGAATGAAAGCATGTCCTCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATGgtaatgctaacttattatttgttttgttgattattttatgaatttaaatttactttctaagtttctatgctttgttatgtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03550.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192305272|gb|FG997538.1|FG997538
EST:     TCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATG                         TTTACTTTCAGGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA
genomic: TCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATGgtaatgctaa ... ttatgtgcagTTTACTTTCAAGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA
EST: gi|14012109|gb|BG727031.1|BG727031
EST:     TCATCATGCTAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATG                         TTTACTTTCATGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA
genomic: TCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATGgtaatgctaa ... ttatgtgcagTTTACTTTCAAGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA
EST: gi|19270031|gb|BM886287.1|BM886287
EST:     TCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATG                         TTTACTTTCAAGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA
genomic: TCATCATGCGAAGGTTATGATGATTCAAGAATAACTGAAAAGCAGACATGgtaatgctaa ... ttatgtgcagTTTACTTTCAAGTCCCAGAAATCCAGTGCATCACATTAGAAGCAATGAACA