Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCACCAAGGAGACCAATGTATCAGTCAAAATAAACTTGGATGGTTCTGGGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatttcaactcaattttagtgcctttttgttgcttcatttactttttatatcccattgttgctatctgccttaaagtgtaatataagatttcaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G28420.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G28420.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0020g03430.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GGTCACCAAGGAGACCAATGTATCAGTCAAAATAAACTTGGATGGTTCTGGGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatttcaactcaattttagtgcctttttg-----ttgcttcatttactttttatatcccattgttgctatctgccttaaagtgtaatataagatttcaa
||| || || || |||||||||   |||  ||| |||||||||||||| || || ||| | | |  ||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| || | || ||  ||  || || |     ||| ||   | || ||     ||   || ||  ||| |   |||   | |  ||||         
GGTTACTAAAGAAACCAATGTAATGGTCTCAATGAACTTGGATGGTTCAGGCGTTGCTCAAAATGATACTGGAATCCCCTTTCTCGATCATATGTTAGATgtcagtacttttaatttaacttatgtttctgttagggaatttgatttggtgacattggtgttcttgtttttattatttat-ttatttttttctatag--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323948|gb|GR836180.1|GR836180
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|120496152|gb|EH224319.1|EH224319
EST:     AATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: AATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|27427329|gb|CA938849.1|CA938849
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|192298863|gb|FG987608.1|FG987608
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACACGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|151393539|gb|EV263414.1|EV263414
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|12691429|gb|BG157765.1|BG157765
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|192295567|gb|FG988141.1|FG988141
EST:     GGGTTGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|120528949|gb|EH257083.1|EH257083
EST:     GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
EST: gi|298186844|gb|HO033943.1|HO033943
EST:     GGGTTGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGAT                         CAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC
genomic: GGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatt ... gatttttcagCAACTTGCTTCACATGGGCTGTTAGATGTACATGTAAAGGCTACAGGTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTCACCAAGGAGACCAATGTATCAGTCAAAATAAACTTGGATGGTTCTGGGGTGGCTGATAGTAGTACTGGAATTCCCTTCCTCGATCATATGCTTGATgtcagtaatttcaactcaattttagtgcctttttgttgcttcatttactttttatatcccattgttgctatctgccttaaagtgtaatataagatttcaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT