Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACGTCTCGGCATCGAGCACCAAGAAAATCCTAATAATGGGAGGCACCAGGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgacttacttatttctcattaactctgtgtatgcctgtgtttgtttggagaataatttttcaaggagtgatattttttaaaaccttttatacctatgtttggtaattttatatagtttcaatattttgatgataaaacatgtgaatttggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41540.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41540.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g23180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
-CTACGTCTCGGCATCGAGCACCAAGAAAATCCTAATAATGGGAGGCACCAGGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgacttacttatttctcattaactctgtgtatgcctgtgtttgtttggagaataatttttcaaggagtgatattttttaaaaccttttatacctatgtttggtaattttatatagtttcaatattttgatgataaaacatgtgaatttggcag
  || |   | ||  |   | ||||||| || ||  | ||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||  | | || | |    | |  | | | |   |||||   |             | |||    ||   |  ||  || |||        | || | |||| ||                                                 
GGTA-GCAGCAGCTGCAGACTCCAAGAACATTCTTGTGATGGGGGGAACCAGGTTCATTGGTGTCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAGGAGGGGCACCAGgtatg--tcagttgtgtagtgtga--tattttttcccctgtaagtacaatattttctgtgttttggagaagtaagttaattgaaa--------aactgtatttgttag------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA19G41540.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g00820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CTACGTCTCGGCATCGAGCACCAAGAAAATCCTAATAATGGGAGGCACCAGGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgacttacttatttctcattaactctgtgtatgcctgtgtttgtttggagaataatttttcaaggagtgatattttttaaaaccttttatacctatgtttggtaattttatatagtttcaatattttgatgataaaacatgtgaatttggcag
  | ||  |||||||  |    ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| ||||||||| |  | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||     |  |  ||   |  ||          |  | | ||   |   ||||| |||     |  | | ||   |   |                                                                          
ACATGTTACGGCATCAGGTGAAAAGAAAATCCTTATGATGGGAGGCACTCGATTTATCGGTGTGTTTCTGGCAAGGCTTCTTGTCAAAGAGGGTCATCAGgtattgaaaatatggtttctaacaataggaaaaccgattcttttgactgttagaatgattgaagcacaaattattactggcag-------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209712446|gb|BW671298.1|BW671298
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|8670400|gb|BE191507.1|BE191507
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209702885|gb|BW655995.1|BW655995
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|27426223|gb|CA937743.1|CA937743
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213595578|gb|DB962434.1|DB962434
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|9903043|gb|BE612011.1|BE612011
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120530586|gb|EH258719.1|EH258719
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|5753286|gb|AI960573.1|AI960573
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|16348529|gb|BI974124.1|BI974124
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213617672|gb|DB959340.1|DB959340
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|7284172|gb|AW596769.1|AW596769
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|23064426|gb|BU579199.1|BU579199
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|7686625|gb|AW757282.1|AW757282
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120533740|gb|EH261873.1|EH261873
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209707067|gb|BW653204.1|BW653204
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209719660|gb|BW669219.1|BW669219
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|15286291|gb|BI470182.1|BI470182
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|15287371|gb|BI471262.1|BI471262
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|20449765|gb|BQ253889.1|BQ253889
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|22523298|gb|BU082109.1|BU082109
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|20497984|gb|BQ272914.1|BQ272914
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120533746|gb|EH261879.1|EH261879
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|17519820|gb|BM188862.1|BM188862
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120533723|gb|EH261856.1|EH261856
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTACGTCTCGGCATCGAGCACCAAGAAAATCCTAATAATGGGAGGCACCAGGTTTATTGGTGTGTTTTTATCTAGGCTCCTTGTTAAAGAGGGTCACCAGgtatgacttacttatttctcattaactctgtgtatgcctgtgtttgtttggagaataatttttcaaggagtgatattttttaaaaccttttatacctatgtttggtaattttatatagtttcaatattttgatgataaaacatgtgaatttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG