1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TTCAGTTGGTGTGGCACCAACATCATCAGGCTTGAGAGAATCCAGTGGTGTTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcacacactgttaattctcaatacaatatcgtttttttttgtgggataattttttgttgtttgattttttaagtttgagacattgttgcttacggcttgccttatcgtgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G41420.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|208110039|gb|GD904509.1|GD904509
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGCTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTEST: gi|254328746|gb|GR833118.1|GR833118
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|27809424|gb|CB063846.1|CB063846
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|209725616|gb|BW663105.1|BW663105
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|6913877|gb|AW395407.1|AW395407
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|213591319|gb|DB973808.1|DB973808
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|298165875|gb|HO008846.1|HO008846
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATTEST: gi|208285521|gb|GE082457.1|GE082457
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
EST: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAA GAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
genomic: TTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcaca ... tatcgtgtagGAAATGGAAGCCACCGTTGTCGATGGTAACGGAACAGAGACCGGACATATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCAGTTGGTGTGGCACCAACATCATCAGGCTTGAGAGAATCCAGTGGTGTTGATAGGTTGCCAGAGGAGATGAATGATATGAGAATTAGGGATGATAAAgtatgtcacacactgttaattctcaatacaatatcgtttttttttgtgggataattttttgttgtttgattttttaagtttgagacattgttgcttacggcttgccttatcgtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG