1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CCTTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgtttttcacaatgagactaattgtgtttgccctaaattcttgaaatgaaatgagtaatctctgtacattttccccctctcacaattatgtttcctc...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G38220.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|298163396|gb|HO012129.1|HO012129
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGATATCAGEST: gi|5509618|gb|AI856176.1|AI856176
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: GCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|192302967|gb|FG996983.1|FG996983
genomic: GCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|298173126|gb|HO020110.1|HO020110
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|151410169|gb|EV279977.1|EV279977
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|208310530|gb|GE104182.1|GE104182
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATEST: gi|192331598|gb|FK023445.1|FK023445
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTAT
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|298182158|gb|HO026333.1|HO026333
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAGEST: gi|192298572|gb|FG989233.1|FG989233
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
EST: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTG GCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
genomic: TTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgttttt ... gctgtggcagGCATGTGCAATATATAACAATTGGTGGCCAATGTTATCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCTTGCTGGGTTGGCTTTTATGTTTTCAGCTAGCATTTTGCTTCAGATTCTGgtatgtttttcacaatgagactaattgtgtttgccctaaattcttgaaatgaaatgagtaatctctgtacattttccccctctcacaattatgtttcctc
- - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccccc