Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACTTGGTAAATTATCCTTGGCTGCTGCTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttttttttttgaaagtctctctgttaaggttattattgtttctttgccttatctgcttattttattattagcctctctatgttttgaatggaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35620.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193378860|gb|FK345201.1|FK345201
EST:     ACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: ACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|207772790|gb|GD743956.1|GD743956
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTTATTCCGTCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
genomic: GGCCGGGACAAAAGAG-TTA-TCCG-CTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
EST: gi|193711157|gb|FK644354.1|FK644354
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|208282899|gb|GE078925.1|GE078925
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|207745500|gb|GD716372.1|GD716372
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|254317773|gb|GR826757.1|GR826757
EST:     CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193368444|gb|FK337974.1|FK337974
EST:     GGCCGGGACAAGAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193514992|gb|FK470202.1|FK470202
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|208282981|gb|GE078951.1|GE078951
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|254314739|gb|GR829732.1|GR829732
EST:     CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193318376|gb|FK285856.1|FK285856
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193570516|gb|FK524061.1|FK524061
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTCGTC
genomic: GGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|21594727|gb|BQ610247.1|BQ610247
EST:     CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|208253057|gb|GE056771.1|GE056771
EST:     GTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: GTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193490679|gb|FK456420.1|FK456420
EST:     ACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: ACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193469937|gb|FK437278.1|FK437278
EST:     ACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: ACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193655842|gb|FK607142.1|FK607142
EST:     ACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: ACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|193354175|gb|FK322813.1|FK322813
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTAATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCGATGTTGT
genomic: GGCCGGGACAAAAGAG-TTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTT-ATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
EST: gi|11275161|gb|BF325484.1|BF325484
EST:     CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
genomic: CTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGTC
EST: gi|207843636|gb|GD813863.1|GD813863
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTTATTCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
genomic: GGCCGGGACAAAAGAG-TTA-TCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
EST: gi|193575741|gb|FK528036.1|FK528036
EST:     GGCCGGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAG                         GTAAAAGAAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
genomic: GGCC-GGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAG-AGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
EST: gi|193459048|gb|FK424235.1|FK424235
EST:     GGCCGGGACAAAAGAGTTTTATTCCGCTAAG                         GTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT
genomic: GGCCGGGACAAAAGAG--TTA-TCCGCTAAGgttttttttt ... cttgcttcagGTAAAAGAGGGTGGTTATGATTACAAGGTCAATGAAACTGTCAATGTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGACTTGGTAAATTATCCTTGGCTGCTGCTTCTGCTGCTAATGTTGTTCAGGCCGGGACAAAAGAGTTATCCGCTAAGgttttttttttttttttgaaagtctctctgttaaggttattattgtttctttgccttatctgcttattttattattagcctctctatgttttgaatggaa

- - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT