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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTATGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatctcaaccctgatctcaacccagcctcttgatttttgtttctttggtgtgacttgcatgttgggattgtgaggtttgtagatatgatgaaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G32990.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G32990.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0007g06520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAGAAAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTATGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatctcaac-cctgatctcaacccagcctcttgatttttgtttctttggtgtgacttgcatgttgggattgtgaggtttgtagatatgatgaaac
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GAGAAAATGACTCAAATTATGTTCGAGACCTTCAACACACCCGCCATGTATGTCGCTATCCAGGCTGTCCTTTCCCTTTATGCCAGCGGTCGCACAACTGgtaagcaattctactactttttctcttgcttggcatctaaatttgaaatcataggcattgccaacctggtaaaaaggc-aaatttgcaagaaaaatgtaac
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15203773|gb|BI426541.1|BI426541
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|8826448|gb|BE210178.1|BE210178
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|193332213|gb|FK300295.1|FK300295
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|151402142|gb|EV271955.1|EV271955
EST:     GTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTAC
genomic: GTCGCTATCCAGGCCGTGC-TTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTA-TTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTAC
EST: gi|192328623|gb|FK020813.1|FK020813
EST:     CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|6134689|gb|AW133082.1|AW133082
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|14126082|gb|BG790520.1|BG790520
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|41146304|gb|CK606515.1|CK606515
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|6566766|gb|AW234398.1|AW234398
EST:     TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: TGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
EST: gi|192330415|gb|FK021188.1|FK021188
EST:     CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG
genomic: CAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTTCCTATCTACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GAGAAAATGACTCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTATGTCGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatctcaaccctgatctcaacccagcctcttgatttttgtttctttggtgtgacttgcatgttgggattgtgaggtttgtagatatgatgaaac

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