Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTTAACACCCCTGCTATGTATGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccattttttatttgtttgattaacttgaggttgtatagtatgaacttatctgggaactttgaaattgagataagcatatgtcaacatccatgaga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G52780.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G52780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0019g01240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTTAACACCCCTGCTATGTATGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatttt-ttatttgtttgattaacttgaggttgtatagtatgaacttatctgggaactttgaaattgagataagcatatgtcaacatccatgaga-
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||  | |||||||||||||| || ||||||||||  ||   | | | | |  | | | | ||| | |     | | |||  | |||  || |   | |   |||  | ||| ||  ||  | ||   |  
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTTAACACTCCTGCTATGTATGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcatttcaatcaatcgatcaacttattagagttcgagagctgttaacagagctga-aattcaaatacccagacta-catgtgcaaatgttcaaatgca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254321272|gb|GR824589.1|GR824589
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|120533525|gb|EH261658.1|EH261658
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|208236739|gb|GE029693.1|GE029693
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTT-ATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGA
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGA
EST: gi|213604806|gb|DB960529.1|DB960529
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15814304|gb|BI786579.1|BI786579
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213589191|gb|DB957723.1|DB957723
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|208068417|gb|GD864615.1|GD864615
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|23728082|gb|BU762086.1|BU762086
EST:     TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|105634287|gb|DW247436.1|DW247436
EST:     TGCAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGACTCTGGTGATGGTGTGAGTCACACTGT
genomic: TGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccatt ... ctctttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTTAACACCCCTGCTATGTATGTAGCCATCCAGGCTGTTCTTTCACTTTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagccattttttatttgtttgattaacttgaggttgtatagtatgaacttatctgggaactttgaaattgagataagcatatgtcaacatccatgaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT