Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttgcattattctttttatggtcatttcttcaatattatcaatctatttatctagaggctcatgtatgtaatgttgatatttatgttttgttgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G52310.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10231198|gb|BE800014.1|BE800014
EST:     ATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: ATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|6912851|gb|AW394335.1|AW394335
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|58023430|gb|CX710171.1|CX710171
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGATAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|21675568|gb|BQ627919.1|BQ627919
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|298183127|gb|HO028390.1|HO028390
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|58023747|gb|CX710488.1|CX710488
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|6912844|gb|AW394328.1|AW394328
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|58021757|gb|CX708498.1|CX708498
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|6095027|gb|AW119694.1|AW119694
EST:     AGGAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: AGGAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|9985660|gb|BE659768.1|BE659768
EST:     GGTTGTANGAANNGCCGGTGAGTGANNACANTGGCTCCTGNNAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGNNCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|15813989|gb|BI786264.1|BI786264
EST:     GTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|26057222|gb|CA800136.1|CA800136
EST:     TAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: TAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
EST: gi|58023732|gb|CX710473.1|CX710473
EST:     GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGG                         CGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA
genomic: GAGGTTGTAAGAATTGCCGGTGAGTGATTACAATGGCTCCTGCTAAGGgtgggtcttg ... ccttgtgcagCGGACAATGCCAAAAAGGCTGATCCCAAAGCTCAGGCTTTGAAGACAGCAA