Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcctttacttattcttcactctcttgtctctctttcattgtggggtgtgaagaatgaaaaatggggttttgggattttgatttctaaggggtcaactagtgctgatttaagcttcttaattgtgtttttcttca

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G49400.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209719382|gb|BW674462.1|BW674462
EST:     CAGTGGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: CAGTGGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|7590054|gb|AW705815.1|AW705815
EST:     CTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: CTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|22933116|gb|BU550255.1|BU550255
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|209707476|gb|BW664935.1|BW664935
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|209722460|gb|BW668748.1|BW668748
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|13312489|gb|BG406140.1|BG406140
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|13787990|gb|BG650582.1|BG650582
EST:     ATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: ATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|213618133|gb|DB965290.1|DB965290
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|209710581|gb|BW661987.1|BW661987
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|208046692|gb|GD849528.1|GD849528
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|192329190|gb|FK021148.1|FK021148
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|151412134|gb|EV281946.1|EV281946
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|17022389|gb|BM093423.1|BM093423
EST:     GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
EST: gi|14259776|gb|BG882684.1|BG882684
EST:     GCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA                         GAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC
genomic: GCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcct ... tttttcttcaGAGCAAATATGGAAGTGGGAGTGTCAAGAGATAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAAggtatatcctttacttattcttcactctcttgtctctctttcattgtggggtgtgaagaatgaaaaatggggttttgggattttgatttctaaggggtcaactagtgctgatttaagcttcttaattgtgtttttcttca

- - - GCTGCT
- - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - -  AAGGAG