Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTTCATGGAGCGGGAATCGGTGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTCCCACCTAATCACGgtaatgccttttactttttggtttgtgtttccaagttgttgtttttttcttcttcctattcaaatgttgcaatttttaatgagcttaatttctatgcacg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G06770.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G06770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g06920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CTTTTCATGGAGCGGGAATCGGTGTCAATGTGGGAACTTAGCTTTGTTGTCCCACCTAATCACGgtaatgccttttactttttggtttgtgtttccaagttgttgtttttttcttcttcctattcaaatgttgcaatttttaatgagcttaatttctatgcacg----
|||   |||||||| ||||||  ||||||||||||| | || |||||||| || ||||| ||||||||||   |||   |||       |||||    |||| ||      |       | |     |  ||| |||||| | ||   |   || |  ||        
CTTGCGATGGAGCGTGAATCGACGTCAATGTGGGAATTGAGTTTTGTTGTTCCGCCTAACCACGgtaatggtattttggtttgaacgcttgttt---ggttggtgagaaagtgacggaacgagaagga-attgaaattttgagtgttttgttttccggtggttttgtt