Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGCTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccacatgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtcta

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G04510.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G04510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G16710.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGCTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccacatgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtcta
 ||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||| ||  || | |||||||||   ||  ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  |  ||      || ||||| |      |||     ||     ||  |||         || |    |||   |  | |    |  |   | |       |||| |||||  ||||  ||| ||           
-GCCCTTTTTGCCAAAAGGTGTTACTGACAATGGAGGAGAAGAATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattcttg----gattctttccataacgtgcctgaagtagacatgattcttg---------attaatggcag-tgatttccttagttttttcaatg----ggttgtgttcttgtttattgtttattag---------

upper sequence: GLYMA18G04510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0006g00630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGCTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccacatgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtcta
 | || || |  |||||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |   |    | | |||||||  |||||     |||    ||   ||||    ||        | | ||| |       |  |   |  |  |  |  |||||  | |                              
-GTCCCTTCTCACAAAGGATTCTGCTGACTCTCGAGGAAAAACATCTCCCTTATGAAATGAAGTTGGTAGATTTGACTAACAAGCCAGAATGgtaattatggtgttcctttttttttttttttgttttttacatgcaattatcacctta--------ttaaccatatgaaggttttcttcttgttgtttttttttataagctag----------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213588679|gb|DB957687.1|DB957687
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|23064418|gb|BU579191.1|BU579191
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|192322908|gb|FK014839.1|FK014839
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|298177053|gb|HO023414.1|HO023414
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|13480266|gb|BG509609.1|BG509609
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|151410703|gb|EV280518.1|EV280518
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|23726127|gb|BU761045.1|BU761045
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|209721279|gb|BW665773.1|BW665773
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|298194148|gb|HO040796.1|HO040796
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|9259381|gb|BE347528.1|BE347528
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|298199108|gb|HO042471.1|HO042471
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|117557695|gb|EG702080.1|EG702080
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|15203082|gb|BI425850.1|BI425850
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|15285066|gb|BI468957.1|BI468957
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|17963072|gb|BM269825.1|BM269825
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|151395906|gb|EV265783.1|EV265783
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|298168940|gb|HO009870.1|HO009870
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|10844642|gb|BF067841.1|BF067841
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|7796708|gb|AW782102.1|AW782102
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG
EST: gi|6482888|gb|AW202098.1|AW202098
EST:     ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAAT                         GGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTTAAGTTNCTGTCATTAAGGTTGATG
genomic: ACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttc ... tgttggtctaGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGCTGCTGACACTGGAGGAAAAACATCTACCTTATGACCCCAAGTTGGTGGATTTGACCAACAAGCCAGAATggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccacatgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtcta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA