Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATTGACAGAAAGGATGTTTCTCTTAGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaattatgcacttttcaagggagatatgtagctcaatatgtgtcatggagccctattttcttctttgaatttcccaatttttaatgtaaaaaatgaaaatcaaataagttgtagcttaacatttgagtcaaactttctcagtttcttgtcagttatgataccattgaactaatttccttcctatgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34110.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G34110.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G25080.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GATATTGACAGAAAGGATGTTTCTCTTAGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaattatgcacttttcaagggagatatgtagctcaatatgtgtcatggagccctattttcttctttgaatttcccaatttttaatgtaaaaaatgaaaatcaaataagttgtagcttaacatttgagtcaaactttctcagtttcttgtcagttatgataccattgaactaatttccttcctatgacag
|| |||||  | ||||||||| || | | ||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |  |   |  | ||||        ||||   | |  |    ||||| ||   | || |  ||||  |  ||     ||||      | | |                                                                                                 
GACATTGATGGGAAGGATGTTGCTTTGAACAAATTCAAGGGGAAAGTTATGTTGATTGTCAATGTTGCTTCAAGATGgta--agcttctccttcttcatcctcttgatgtgtttgatgacagttcatgtagaggt-ttctaatcttaaagattgtgtgttttatgaacatacag------------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192302992|gb|FG997008.1|FG997008
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|23057284|gb|BU577958.1|BU577958
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|207840242|gb|GD809651.1|GD809651
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|17519313|gb|BM188355.1|BM188355
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|6913289|gb|AW394819.1|AW394819
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|27425186|gb|CA936706.1|CA936706
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|9259064|gb|BE347211.1|BE347211
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|38193473|gb|CF922679.1|CF922679
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|23732320|gb|BU764320.1|BU764320
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|192315914|gb|FK008811.1|FK008811
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTACTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|13125841|gb|BG316411.1|BG316411
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|6483256|gb|AW202424.1|AW202424
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAAATACTCGGAGCTGTCACGCTNGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|23062966|gb|BU578536.1|BU578536
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
EST: gi|20498135|gb|BQ273065.1|BQ273065
EST:     AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATG                         TGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA
genomic: AGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaatta ... cctatgacagTGGTTTGACATCATCAAATTACTCGGAGCTGTCACGCTTGTATGAAAAATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATATTGACAGAAAGGATGTTTCTCTTAGCAAGTTTAAGGGGAAGGTTCTATTGATTGTCAATGTTGCTTCACGATGgtatgaattatgcacttttcaagggagatatgtagctcaatatgtgtcatggagccctattttcttctttgaatttcccaatttttaatgtaaaaaatgaaaatcaaataagttgtagcttaacatttgagtcaaactttctcagtttcttgtcagttatgataccattgaactaatttccttcctatgacag

- - - - - - - - - - - - -  AGCAAG