Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTGGCTTTGGCGAATATGGAAGGACTGTGAATGATGGAAGTGTGGCAGGAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttctttcccttttcaataatcattttttcctattgtccttaaaaaaaaattaaaatatttttttttatcttcataaatataaaaatgatcaaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G15710.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G15710.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv00s1455g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TTGTGGCTTTGGCGAATATGGAAGGACTGTGAATGATGGAAGTGTGGCAGGAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttctttcccttttcaataatcattttttcctattgtccttaaaaaaaaattaaaatatttttttttatct--tcataaatataaaaatgatcaaaa------
 ||||||||||||||||||||||| | ||| || |  || |  || |  | ||| ||||||||||  |||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||    |          || |   | |  |   ||     || ||       | |   | | || || ||    | || | |   |||  || |  ||      
ATGTGGCTTTGGCGAATATGGAAGAAGTGTTAACGGCGGCAACGTTGGCGCAGTTTCTAGGCTATACAGGAATGGGACTGGCTGCGGTGCATGCTATCAGgtaattaaactat--------atgagagtgtgatgtgatgaaattttaagggtgtctgagggaatattcttcatgcaataatgacttgtaaatagaccttaagaataa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213599731|gb|DB968409.1|DB968409
EST:     GAATGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGT
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGT
EST: gi|192312283|gb|FK005287.1|FK005287
EST:     GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
EST: gi|151402276|gb|EV272089.1|EV272089
EST:     GAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
EST: gi|151399851|gb|EV269722.1|EV269722
EST:     GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
EST: gi|192313724|gb|FK010284.1|FK010284
EST:     GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
EST: gi|192294430|gb|FG987359.1|FG987359
EST:     GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
EST: gi|192312282|gb|FK005286.1|FK005286
EST:     GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAG                         GCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG
genomic: GAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttct ... gataatccagGCAAGGTGCAAAATACCACAATACTGTGATGAAAATGGAGCATATGTGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTGGCTTTGGCGAATATGGAAGGACTGTGAATGATGGAAGTGTGGCAGGAGTGTCTAGGCTATGGAGGAATGGAAGTGGTTGTGGTGCATGCTATCAGgtaattttctttcccttttcaataatcattttttcctattgtccttaaaaaaaaattaaaatatttttttttatcttcataaatataaaaatgatcaaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaaa