1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGTGGAGAAGTGCCTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagttatcctttaaactaattatgattccaattgggttttgaatggtttttgagttcagaattgggtgagttgtttgtgaattttgagtgttagattcaagtattcaactgggtatgtctgattttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G29790.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCCTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCTEST: gi|10256359|gb|BE824125.1|BE824125
genomic: TGCCTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagttatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCT
EST: TGCCTTGGNCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCTEST: gi|31471135|gb|CD413163.1|CD413163
genomic: TGCCTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagttatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCT
EST: CTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCT GTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCT
genomic: CTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagttatc ... tgattttcagGTGGGTATGGAATTTTGGGCTAGATGGGCTCATAGGGCTCTCTGGCATGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGGAGAAGTGCCTTGGTCTGAAATGTTTGGCACATTTGCTCTATCAGTGGGAGCTGCTgtgagttatcctttaaactaattatgattccaattgggttttgaatggtttttgagttcagaattgggtgagttgtttgtgaattttgagtgttagattcaagtattcaactgggtatgtctgattttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT