Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAGCTCTGTCACATCAATGTCGGAGAATTAGTCAAAGAAAAGAACTTGCATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatcaatttatataatttggatcattcctatatgcttgtgtttgagatttagctcctctaaagtaaaatgaggagatgtgtaaaatgagcaagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27430.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213619568|gb|DB963734.1|DB963734
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193535354|gb|FK489994.1|FK489994
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193921|gb|HO040569.1|HO040569
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|207731652|gb|GD707125.1|GD707125
EST:     TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: TGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|31307006|gb|CD392209.1|CD392209
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298192839|gb|HO033273.1|HO033273
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192332213|gb|FK023862.1|FK023862
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298183620|gb|HO028833.1|HO028833
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298173803|gb|HO017139.1|HO017139
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317987|gb|GR832155.1|GR832155
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298196424|gb|HO041167.1|HO041167
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254331451|gb|GR845923.1|GR845923
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192311583|gb|FK004838.1|FK004838
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192316022|gb|FK007125.1|FK007125
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193401672|gb|FK366345.1|FK366345
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325388|gb|GR838269.1|GR838269
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192317805|gb|FK009397.1|FK009397
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193402064|gb|FK368851.1|FK368851
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGG-AAACATTGTG-AC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|208329836|gb|GE128869.1|GE128869
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193427421|gb|FK393503.1|FK393503
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298193545|gb|HO034151.1|HO034151
EST:     ATGATGGGTGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|151401187|gb|EV271001.1|EV271001
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254325389|gb|GR838270.1|GR838270
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254323438|gb|GR840135.1|GR840135
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|298178466|gb|HO024201.1|HO024201
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193670198|gb|FK609452.1|FK609452
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|193548257|gb|FK505250.1|FK505250
EST:     ATGACGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|192318020|gb|FK009472.1|FK009472
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254317988|gb|GR832156.1|GR832156
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
EST: gi|254347363|gb|GR853612.1|GR853612
EST:     ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTG                         GTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC
genomic: ATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatc ... gtttttgtagGTTTGTGATGAACTTGAGGATGTTATGGAAGAGGGGGGAAACATTGTGGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCAGCTCTGTCACATCAATGTCGGAGAATTAGTCAAAGAAAAGAACTTGCATGATGGATGGGATGATGAGCTTGATTGTTACCTTCTTAATGAAGACTTGgtaagctatcaatttatataatttggatcattcctatatgcttgtgtttgagatttagctcctctaaagtaaaatgaggagatgtgtaaaatgagcaagt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA