Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATGAGTTTCTAGACTATTTCCGGATTCCCGATGGACCAATTTTTTTGGTAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaaattcttgctcaaaatttgtattattgtcttttattggttaatatgtctgtttgtctgcattttaagattcattaccaaatattgaagtta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G24290.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192300969|gb|FG993029.1|FG993029
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|298173654|gb|HO016990.1|HO016990
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|19053252|gb|BM731919.1|BM731919
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|17153445|gb|BM143378.1|BM143378
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|192295160|gb|FG986879.1|FG986879
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|19348837|gb|BM893369.1|BM893369
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
EST: gi|254323220|gb|GR840025.1|GR840025
EST:     TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCT                         GTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC
genomic: TAATAGGTGGTGAAGGTATATTGAATGGGGTAGCAAATGACTATCTTGCTgtaagttgaa ... ttatcaatagGTACTGGCAAAGAAGTTTGGAGCAGCTATGGTTACTCTTGAACATCGCTAC