Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATGTGTGCAGAAGAAATGGGGTTGTCATTGATATCAAGAGTCTCGGAAGAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattgattatttgtaatgttgtaacaagagtttatgcattataggttttttatatgctgttttataatgcctgatttgagcctagaagtcacttca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G08440.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G08440.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv11s0149g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ACATGTGTGCAGAAGAAATGGGGTTGTCATTGATATCAAGAGTCTCGGAAGAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattgattatttgtaatgttgtaacaagagtttatgcattataggttttttatatgctgttttataatgcctgatttgagcctagaagtcacttca------
|||||||| |||||| ||||| ||| | | |||||| |||    | || |  ||||  |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||   |    | || |  |  |  |   |   |||||   ||||   || ||| | |       | | || | ||||||| | ||   |||   |  |      
ACATGTGTACAGAAGGAATGGTGTTCTTACTGATATAAAGTCATTTGGGATTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatct----acttttgctactacag--attttttattttttattttttatttctttttgaaaatttgatacatgatttgggtctcttagtgtttgaatgggga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298190034|gb|HO032155.1|HO032155
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|151394628|gb|EV264499.1|EV264499
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|22931735|gb|BU548874.1|BU548874
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|14259211|gb|BG882119.1|BG882119
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|298185226|gb|HO030439.1|HO030439
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|298196168|gb|HO044559.1|HO044559
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
EST: gi|18039599|gb|BM307893.1|BM307893
EST:     GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAG                         GGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG
genomic: GAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattga ... attgctatagGGCCTGCTGATGCAAATGAGCATGATGGCTACACCGGAAATCAACAAAGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACATGTGTGCAGAAGAAATGGGGTTGTCATTGATATCAAGAGTCTCGGAAGAGTTCAGTTGGGCTATGGTGTGAAAAAGCTAGATGGAAGATATTATCAGgtgagattgattatttgtaatgttgtaacaagagtttatgcattataggttttttatatgctgttttataatgcctgatttgagcctagaagtcacttca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA