Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACCTTAACATCACCGATGACACTAGAGTCCGTGCTGCTGTTCCCACCATCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtttataaaccattttcatgttttttaggtatctgggtatgttttattttagtttaacaattatttggaatctgggtttggtttttggttggg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G41550.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
CAACCTTAACATCACCGATGACACTAGAGTCCGTGCTGCTGTTCCCACCATCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtttataaaccattttcatgttttttaggtatctgggtatgttttattttagtttaacaattatttggaatctgggtttggtttttggttggg-------
 |||  |||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  |||  ||  | || |  || || |||||||| | | | ||   || ||     ||   ||  |   |   | | | | ||||| || |   |||| |     |||||  | || || |  |  | |       
TAACTCTAACATCACCGATGACACCAGGATTCGTGCCGCTGTTCCCACCATCAAGTACTTGATGGGTAATGGATCTAGGGTTGTTCTCTGCAGTCACTTGgtatgatatct-tatctcagttctcacttcactacttgcttatctgt-tgtaattttggtgtgggaatttt----gatctga-tctgtttatccggagagccatgcg

upper sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
CAACCTTAACATCACCGATGACACTAGAGTCCGTGCTGCTGTTCCCACCATCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtttataaaccattttcatgttttttaggtatctgggtatgttttattttagtttaacaattatttggaatctgggtttggtttttggttggg-------
 |  || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||| |||||  | |||||  | ||||| |    ||   |||||| | | ||| ||   |  ||   | | || |  | | | |      || ||||| |    | |||| ||||| ||  ||       
GAGTCTCAAGATCACCGATGACACCAGAGTCCGTGCCGCTGTGCCCACCATCAAGTACTTGATGGGTCATGGCGCTAAAGTCATCCTCGCCAGCCACCTTgtatgatccggattt-ccatttacttctttgtt---ttcct---tgttttatgatctgggtcttttgttttttgggaaaacgttttgtttttttgtctggatcaata
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15815937|gb|BI788212.1|BI788212
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|17021828|gb|BM092862.1|BM092862
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|254319185|gb|GR830533.1|GR830533
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|298184361|gb|HO029574.1|HO029574
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGCGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|213590337|gb|DB963872.1|DB963872
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|213618073|gb|DB963706.1|DB963706
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209701525|gb|BW667346.1|BW667346
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|254333427|gb|GR841289.1|GR841289
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209726275|gb|BW659601.1|BW659601
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209723637|gb|BW662545.1|BW662545
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|193713246|gb|FK651879.1|FK651879
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGT
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGT
EST: gi|213589807|gb|DB959418.1|DB959418
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|298190988|gb|HO038467.1|HO038467
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTCG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209717610|gb|BW679690.1|BW679690
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209706842|gb|BW653134.1|BW653134
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|19347371|gb|BM892251.1|BM892251
EST:     CTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: CTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|254340232|gb|GR858357.1|GR858357
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|298192401|gb|HO036483.1|HO036483
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|254333389|gb|GR841251.1|GR841251
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|151408797|gb|EV278605.1|EV278605
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|254343942|gb|GR857698.1|GR857698
EST:     GCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: GCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|120531954|gb|EH260087.1|EH260087
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|298176127|gb|HO015532.1|HO015532
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|19269452|gb|BM885708.1|BM885708
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|151410791|gb|EV280606.1|EV280606
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|192329504|gb|FK021874.1|FK021874
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209709214|gb|BW657183.1|BW657183
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|193640045|gb|FK587138.1|FK587138
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGT
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGT
EST: gi|4313352|gb|AI460471.1|AI460471
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAA-TACAGTTTGAAGC
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGC
EST: gi|213614766|gb|DB970771.1|DB970771
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|213606522|gb|DB971318.1|DB971318
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209700685|gb|BW670461.1|BW670461
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|298195007|gb|HO043535.1|HO043535
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209708596|gb|BW678773.1|BW678773
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|192307309|gb|FK001267.1|FK001267
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|209717628|gb|BW653990.1|BW653990
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
EST: gi|13789062|gb|BG651653.1|BG651653
EST:     TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTG                         GGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA
genomic: TCAAGTACTTGACTGGTTATGGTGCTAAAGTGATCCTTTCTAGCCATTTGgtatgctgtt ... ctgttttcagGGACGTCCAAAAGGTGTAACACCTAAATACAGTTTGAAGCCTCTTGTGCCA