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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttgagaatttatttttagtttgtgctgagtaatttattagtttattgttagttttttacataacttgttaggaaagaaaggaggaggtgttctgttctgaagcaattttcataaataaagacataaagggtattgatcgaaagatggattataactgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G12780.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298187383|gb|HO034532.1|HO034532
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|298187020|gb|HO034169.1|HO034169
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|208169021|gb|GD970538.1|GD970538
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|13789758|gb|BG652349.1|BG652349
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|9902003|gb|BE610971.1|BE610971
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|192294520|gb|FG987449.1|FG987449
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|19345889|gb|BM890769.1|BM890769
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|193699347|gb|FK639452.1|FK639452
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|298181906|gb|HO026081.1|HO026081
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|5606131|gb|AI900229.1|AI900229
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|15814471|gb|BI786746.1|BI786746
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|14259182|gb|BG882090.1|BG882090
EST:     CGGATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: CGGATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|6071532|gb|AW100919.1|AW100919
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
EST: gi|193471651|gb|FK435674.1|FK435674
EST:     ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAG                         GAA-GTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG
genomic: ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttg ... ataactgcagGAAAGTTGAACCGGGGACTGTCAGTAATTGATAGCTACAGATTGTTAAAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATGCTGGACTACAATGTGCCGGGAGgtgtggcttgagaatttatttttagtttgtgctgagtaatttattagtttattgttagttttttacataacttgttaggaaagaaaggaggaggtgttctgttctgaagcaattttcataaataaagacataaagggtattgatcgaaagatggattataactgcag

- GCTGGA