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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAAGGTTTGCTTTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctcttctggtccttggtgttggcaataatagccaaaggaaaagaaaattgaaagctttctatttctgtacctgcaaatttggccggtgaattg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G05490.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193339086|gb|FK304405.1|FK304405
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATA
EST: gi|207818666|gb|GD791537.1|GD791537
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTT
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTT
EST: gi|209699061|gb|BW664315.1|BW664315
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208066335|gb|GD863082.1|GD863082
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|193415420|gb|FK381024.1|FK381024
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAG
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAG
EST: gi|254325987|gb|GR838868.1|GR838868
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|207777388|gb|GD746999.1|GD746999
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAGGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|207824254|gb|GD795041.1|GD795041
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208154643|gb|GD956732.1|GD956732
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|207812435|gb|GD785349.1|GD785349
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGGCTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATAT
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATAT
EST: gi|208035625|gb|GD837313.1|GD837313
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAG
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAG
EST: gi|207759112|gb|GD733555.1|GD733555
EST:     TAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|193513173|gb|FK470973.1|FK470973
EST:     ACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: ACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|213614966|gb|DB957032.1|DB957032
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208229089|gb|GE024691.1|GE024691
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAG
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAG
EST: gi|208277460|gb|GE081243.1|GE081243
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATC
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATC
EST: gi|193371093|gb|FK337334.1|FK337334
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTG-TCGGATA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATA
EST: gi|209704292|gb|BW683520.1|BW683520
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|298175319|gb|HO015978.1|HO015978
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|192295815|gb|FG990867.1|FG990867
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208248940|gb|GE049575.1|GE049575
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTT
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTT
EST: gi|193670965|gb|FK613801.1|FK613801
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208225034|gb|GE023451.1|GE023451
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAG
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAG
EST: gi|151394349|gb|EV264220.1|EV264220
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCGCACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|207800360|gb|GD773713.1|GD773713
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
EST: gi|208107899|gb|GD905687.1|GD905687
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAG
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAG
EST: gi|298192766|gb|HO033200.1|HO033200
EST:     TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAG                         CCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA
genomic: TTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctc ... tgaatggcagCCATATGCTCACAGTGGTCGGATATAGTACATCAGAAGTTCACACAAGAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTGAAGGTTTGCTTTTGATCCGGCTTGGGAGTTTTGATAGACTTGATTTTAACTCTTTAAGAGgtagtttctcttctggtccttggtgttggcaataatagccaaaggaaaagaaaattgaaagctttctatttctgtacctgcaaatttggccggtgaattg

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