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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgttttaatatttcgaaatccggcttatgaaaattgcgaaccggtggttaagcatctatatttactctctgattaggtactcacatgtcaaagtca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G04670.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209725405|gb|BW651549.1|BW651549
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|8404081|gb|BE059715.1|BE059715
EST:     GAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|213607965|gb|DB963023.1|DB963023
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|298178914|gb|HO024649.1|HO024649
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|6071966|gb|AW101353.1|AW101353
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|298179054|gb|HO024789.1|HO024789
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGTTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|10231523|gb|BE800411.1|BE800411
EST:     GCAGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GCAGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|14126262|gb|BG790700.1|BG790700
EST:     CACGCAGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: CACGCAGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|213611697|gb|DB969085.1|DB969085
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|209712413|gb|BW671265.1|BW671265
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|7685908|gb|AW756556.1|AW756556
EST:     ACGCAGGGTGTCCCGAATATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: ACGCAGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|12496334|gb|BG047012.1|BG047012
EST:     AGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: AGGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|209723033|gb|BW668879.1|BW668879
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|213619677|gb|DB965623.1|DB965623
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|192313125|gb|FK004701.1|FK004701
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|192313126|gb|FK004702.1|FK004702
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|213593833|gb|DB957953.1|DB957953
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|20497965|gb|BQ272895.1|BQ272895
EST:     CGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: CGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|7686389|gb|AW757037.1|AW757037
EST:     GAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|298191234|gb|HO038713.1|HO038713
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATGGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
EST: gi|298166750|gb|HO010189.1|HO010189
EST:     GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG                         CTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA
genomic: GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgtttt ... tttaatgcagCTGATAGTTTAAAGAAGGCTGATCCAAAGGCACAAGCCTTGAAAACTGCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGgtattgttttaatatttcgaaatccggcttatgaaaattgcgaaccggtggttaagcatctatatttactctctgattaggtactcacatgtcaaagtca

- - -  CGAAGA