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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTATGATCGTGGAGTGGTAAGACAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgacttgctctatccctttcttattcttattgcttttaatgttatttgtatctcgttgccctctccctggctccaattgaccctttcattaaatagatgtgaagtcacctgatttggttggggaatttgatatcccatttaagtttatttgatctgtgcacgacattgaccaccccaaaatttgtgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G04500.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213611728|gb|DB962965.1|DB962965
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCGAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|8827206|gb|BE210936.1|BE210936
EST:     AGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: AGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|151412093|gb|EV281905.1|EV281905
EST:     AAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: AAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTG-TTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|192316740|gb|FK006443.1|FK006443
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|213591579|gb|DB955787.1|DB955787
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|10237388|gb|BE806276.1|BE806276
EST:     GGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: GGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|213592188|gb|DB965979.1|DB965979
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCGAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|192316741|gb|FK006444.1|FK006444
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|16279667|gb|BI943554.1|BI943554
EST:     TTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: TTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|192317198|gb|FK007909.1|FK007909
EST:     CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: CAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
EST: gi|192296657|gb|FG991225.1|FG991225
EST:     TTTGTGAAGCTTGAGATCAG                         GAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT
genomic: TTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgact ... atttgtgtagGAATTAATTTCAGTGGTTCAGAGAATGGCAACGGATTCTTCAAATGGTAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GTCTATGATCGTGGAGTGGTAAGACAAGAGTGGTTAGGGTTTTGGGCTGGTGTTTTTGTGAAGCTTGAGATCAGgttcttgacttgctctatccctttcttattcttattgcttttaatgttatttgtatctcgttgccctctccctggctccaattgaccctttcattaaatagatgtgaagtcacctgatttggttggggaatttgatatcccatttaagtttatttgatctgtgcacgacattgaccaccccaaaatttgtgtag

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