1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CTGGTGAGGGCAAGATCACAGAATTGGTGTGAGAGAGATGGGTTCGTCCGTGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagactcagtactcattctcatgcaatttctctcttcattggaatttgatcccttccaatgagtgtttgatctttggattgatgatgtttgctttgatttgagaatgacttgttttttgataaagaaggttgttggtgtctgtgtgtgtggttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G01520.3 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|8282976|gb|BE020537.1|BE020537
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|17402144|gb|BM178926.1|BM178926
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|298180177|gb|HO025392.1|HO025392
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|37995957|gb|CF807546.1|CF807546
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCTCCGAGGAGCTAAGAATGCCGTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|14999981|gb|BI320795.1|BI320795
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCTCCGAGGAGCTAAGAATGCCGTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|16995918|gb|BM085290.1|BM085290
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|151399034|gb|EV268905.1|EV268905
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|37994420|gb|CF806166.1|CF806166
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|193470298|gb|FK435077.1|FK435077
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|208234515|gb|GE030464.1|GE030464
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|208033626|gb|GD829157.1|GD829157
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|207718282|gb|GD699196.1|GD699196
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|298191489|gb|HO038968.1|HO038968
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAGEST: gi|8284765|gb|BE022324.1|BE022324
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGGTGAGGGCAAGATCACAGAATTGGTGTGAGAGAGATGGGTTCGTCCGTGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagactcagtactcattctcatgcaatttctctcttcattggaatttgatcccttccaatgagtgtttgatctttggattgatgatgtttgctttgatttgagaatgacttgttttttgataaagaaggttgttggtgtctgtgtgtgtggttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG