Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGTGAGGGCAAGATCACAGAATTGGTGTGAGAGAGATGGGTTCGTCCGTGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagactcagtactcattctcatgcaatttctctcttcattggaatttgatcccttccaatgagtgtttgatctttggattgatgatgtttgctttgatttgagaatgacttgttttttgataaagaaggttgttggtgtctgtgtgtgtggttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G01520.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193332407|gb|FK301147.1|FK301147
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|8282976|gb|BE020537.1|BE020537
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|17402144|gb|BM178926.1|BM178926
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|298180177|gb|HO025392.1|HO025392
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|37995957|gb|CF807546.1|CF807546
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCTCCGAGGAGCTAAGAATGCCGTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|14999981|gb|BI320795.1|BI320795
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCTCCGAGGAGCTAAGAATGCCGTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|16995918|gb|BM085290.1|BM085290
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|151399034|gb|EV268905.1|EV268905
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|37994420|gb|CF806166.1|CF806166
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|193470298|gb|FK435077.1|FK435077
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|208234515|gb|GE030464.1|GE030464
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|208033626|gb|GD829157.1|GD829157
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|207718282|gb|GD699196.1|GD699196
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|298191489|gb|HO038968.1|HO038968
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
EST: gi|8284765|gb|BE022324.1|BE022324
EST:     TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAG                         ATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG
genomic: TGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagac ... gtggttgcagATGCAGGAATTGCAACGAGGAGCTAAGAATGCCTTGTCTTTGGCCCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGTGAGGGCAAGATCACAGAATTGGTGTGAGAGAGATGGGTTCGTCCGTGAAGCTTTCAAGGAGGGCCTTGGAAACTGAGATGCCCGTTATGGTTCAGgtactcagactcagtactcattctcatgcaatttctctcttcattggaatttgatcccttccaatgagtgtttgatctttggattgatgatgtttgctttgatttgagaatgacttgttttttgataaagaaggttgttggtgtctgtgtgtgtggttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG