Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGACTATGCATTTGAGTTCATTATCAACAATGGCGGCATTGATTCTGAAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaacttggtcctgattatttgatgacaatcaatgcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G09440.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G09440.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g55650.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TATGGACTATGCATTTGAGTTCATTATCAACAATGGCGGCATTGATTCTGAAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaacttggtcctgattatttgatgacaatcaatgcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcag
 ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||  | || || || |||||||||   ||    || |   | ||||||  | | |||||   |   || ||| |  ||  |   |     |    | |  ||  | |  |||   |  | | | || | |  |  | ||||  |                      
GATGGACTATGCATTTGATTTCATCATCAACAATGGTGGAATCGACACCGAGGATGACTACCCTTACAAAGGCAAGGACGAACGGTGTGACGTAAACAGGgtatct---ttcgtcttctttgctcccttggtttttcaggtagtagcataattttgatatgctattgctcacttgtgctgctatactcacag-----------------

upper sequence: GLYMA14G09440.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S285_10V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TATGGACTATGCATTTGAGTTCATTATCAACAATGGCGGCATTGATTCTGAAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaacttggtcctgattatttgatg---acaatcaat-gcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctat-gtttggttattttgcttttgcgcag---------------
||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||  ||||  ||||||| ||||||   |     |||||| | || ||       || || |||| |    |   | |||||| ||    ||||||      |||       |   |||   | || ||   |   ||| |   || ||  ||| |  || | |  |  |                 
TATGGACTATGCATTCGAGTTTATTATCAAGAATGGTGGTATTGACACTGAGAAGGATTATCCTTACAAGGCCAGAGATGGTCGGTGCGATGAGGGAAGAgtaagtatcaacctagcggttatttcattcacacaatctcccatttactttcattgaatatttatgaagtttcaagcatttatcacatcgtacggtcaccttacgtgcgtccttttgtgtttccttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13788909|gb|BG651500.1|BG651500
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|17401259|gb|BM178041.1|BM178041
EST:     CCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: CCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|298194165|gb|HO040813.1|HO040813
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|18732476|gb|BM527066.1|BM527066
EST:     GATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: GATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|7925521|gb|AW831547.1|AW831547
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|120496510|gb|EH224677.1|EH224677
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|5606377|gb|AI900531.1|AI900531
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|11413180|gb|BF425191.1|BF425191
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|9258974|gb|BE347121.1|BE347121
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|27446257|gb|CA953380.1|CA953380
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|17402038|gb|BM178820.1|BM178820
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|9440374|gb|BE440880.1|BE440880
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|193386901|gb|FK351758.1|FK351758
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATAGTTCCTGCCTA
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGAT-GTTCCTGCCTA
EST: gi|15814104|gb|BI786379.1|BI786379
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAAGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|19348924|gb|BM893456.1|BM893456
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|208311725|gb|GE106903.1|GE106903
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
EST: gi|193414820|gb|FK381432.1|FK381432
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAAATGCTAAGGTT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAA-TGCTAAGGTT
EST: gi|120531667|gb|EH259800.1|EH259800
EST:     AAGAGGATTACC-TTACCGTGGTGT-GATGGTAGATGTGACCCATAT-GG                         AAAAATGCTA-GGTTGTT-CTATTGATGA
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGA
EST: gi|5770740|gb|AI973914.1|AI973914
EST:     AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGG                         AAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT
genomic: AAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaact ... ttttgcgcagAAAAATGCTAAGGTTGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGGACTATGCATTTGAGTTCATTATCAACAATGGCGGCATTGATTCTGAAGAGGATTACCCTTACCGTGGTGTTGATGGTAGATGTGACACATATAGGgttagtaacttggtcctgattatttgatgacaatcaatgcttataaaagatatttatcactcaaattcttattgttttttctatgtttggttattttgcttttgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT