Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGAAGCGTTGAAGGATGCGGAGAATGCTGAACACGTTCCCATATACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtccttctggcccccctcttccttgtcttgtaatactatgtttttattcgttacagaaaagtctagtttttaccgggccaactttttcaactctag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G43780.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G43780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G52830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GCGAAGCGTTGAAGGATGCGGAGAATGCTGAACACGTTCCCATATACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtccttctggcccccctcttccttgtcttgtaatactatgtttttattcgttacagaa-aagtctagtt-----tttaccgggccaactttttcaactctag-------------------------------
    || |  |||||| |   ||||   |||| || ||   |||||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||  || ||       | |  ||||  ||  ||| ||   || | |    |  || ||  | | || ||      ||||  | | ||  |||  || | ||                                
---GAGTGGCGAAGGAGGGTAAGAAGTGTGAATACATTATTATATACGAAGACAAGGATAGAGACTGGATGCTCGTCGGAGATGTACCTTGGCAgtaagt--ttatg-------tttagcttgcattacaatgctcaattatcaaatttaccaaaatgaatataattaacctcttacaagtcaaaaatttgtaattttattttttaaattgtaaattttttttgtcggcag

upper sequence: GLYMA13G43780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G15540.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GCGAAGCGTTGAAGGATGCGGAGAATGCTGAACACGTTCCCATATACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtccttctggcccccctcttccttgtcttgtaatactatgtttttattcgttacagaaaagtctagtttttaccgggccaactttttcaactctag
| |  || ||||| ||||  || ||    ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || ||||| ||||||| ||| || ||      |       |     | |   | ||| |       ||   | ||| |  |   ||  |      ||    |  |||| |  |  ||
GTGTGGCCTTGAAAGATGGTGACAACTGCGAATACGTTACCATATACGAAGACAAAGATGGAGACTGGATGCTCGCCGGTGATGTACCTTGGGGgtatgttct----atcttttgacttaagatatctcactacaaaaagaaaatgtatcacaaactaaagtaaatgagtttgg----atattttgatttgcag

upper sequence: GLYMA13G43780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0002g05150.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GCGAAGCGTTGAAGGATGCGGAGAATGCTGAACACGTTCCCATATACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtccttctggcccccctcttccttgtcttgtaatactatgtttttattcgttacagaaaagtctagtttttaccgggccaactttttcaactctag-------
| ||||| ||||| ||||| || | | | ||  |  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||   |    |||||  | |||| | ||  | | |||| ||| |||   | |       |||||     | |    | ||||||   |  | ||        
GTGAAGCATTGAAAGATGCAGATAGTTCAGAGTATATTCCCATATATGAGGACAAAGATGGGGACTGGATGCTTGTAGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtc--accaaaccccccatcccttcttttaaatttctatatttatatcattcattc---tgtctataacatgcacaccaaactttggta--tataaccactca

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193494469|gb|FK459713.1|FK459713
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|7234689|gb|AW570024.1|AW570024
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|207812130|gb|GD784933.1|GD784933
EST:     TGACTGGATGCTTCGTTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TGACTGGATGC-TCG-TTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|16347647|gb|BI973242.1|BI973242
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAAGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|192327356|gb|FK019573.1|FK019573
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|298184244|gb|HO029457.1|HO029457
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAG
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAG
EST: gi|151396542|gb|EV266419.1|EV266419
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|208265417|gb|GE064527.1|GE064527
EST:     GGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: GGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|151393526|gb|EV263401.1|EV263401
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGGGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|17021052|gb|BM092086.1|BM092086
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|151394409|gb|EV264280.1|EV264280
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCGAGAGGTTGAGGATTATGAAGGGATC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATC
EST: gi|151411232|gb|EV281043.1|EV281043
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|193552402|gb|FK510321.1|FK510321
EST:     TACGGGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|151397845|gb|EV267718.1|EV267718
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCGAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|192325700|gb|FK015057.1|FK015057
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|151405648|gb|EV275462.1|EV275462
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|8827402|gb|BE211132.1|BE211132
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCANATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|208046987|gb|GD846548.1|GD846548
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
EST: gi|15813012|gb|BI785287.1|BI785287
EST:     TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         GATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtcctt ... ttttttgcagGATGTTTATTGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAGAGATCAGATGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGAAGCGTTGAAGGATGCGGAGAATGCTGAACACGTTCCCATATACGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtccttctggcccccctcttccttgtcttgtaatactatgtttttattcgttacagaaaagtctagtttttaccgggccaactttttcaactctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccctc