1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AATGGGACCACTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagccttagctagcttctgatgggattgcctctatttgtggaaaacattttgtacttatcatactcttgcgatggtctctctggctaagtaaatttca...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G41120.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCC-TTTGTGTTCCTTCC-TTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|6071447|gb|AW100834.1|AW100834
genomic: GAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|208185572|gb|GD982085.1|GD982085
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTTGEST: gi|18040397|gb|BM308691.1|BM308691
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTT-G
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|6915528|gb|AW397058.1|AW397058
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|192308239|gb|FK002751.1|FK002751
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|15662424|gb|BI699795.1|BI699795
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|7146583|gb|AW508505.1|AW508505
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|192300263|gb|FG987840.1|FG987840
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|37997347|gb|CF808936.1|CF808936
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|193508530|gb|FK465393.1|FK465393
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: AATG-AGCTAAAGT-CCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|9986087|gb|BE660195.1|BE660195
genomic: AATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCEST: gi|151409950|gb|EV279758.1|EV279758
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
EST: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGCTGTAG AAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
genomic: GATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagcctta ... tcttttacagAAGTTGTTGTGAGCCCTCCTTTTGTGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGGGACCACTGAGGAGGTGAAGAAGATTGTTACTACTTTAAATGAAGCTAAAGTCCCTGGAGAAGATGTTGTAGgtgagccttagctagcttctgatgggattgcctctatttgtggaaaacattttgtacttatcatactcttgcgatggtctctctggctaagtaaatttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaaca