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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgttaattcaagttattttgtgtttgtgtgaattgtcattgctccaagaaaatgacctaattcgatttgactttggatgctgctatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G38420.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213610718|gb|DB961193.1|DB961193
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|207844160|gb|GD817411.1|GD817411
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATACCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|192330257|gb|FK020557.1|FK020557
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|151404234|gb|EV274044.1|EV274044
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|151411010|gb|EV280821.1|EV280821
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|193569984|gb|FK526735.1|FK526735
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|209715859|gb|BW674418.1|BW674418
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|21594409|gb|BQ610149.1|BQ610149
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|57574392|gb|CX547367.1|CX547367
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|18038971|gb|BM307265.1|BM307265
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|209715858|gb|BW674417.1|BW674417
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|7589690|gb|AW705459.1|AW705459
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|163921009|gb|EH039455.1|EH039455
EST:     TGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|57574160|gb|CX547135.1|CX547135
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|21677079|gb|BQ629430.1|BQ629430
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
EST: gi|207830059|gb|GD801415.1|GD801415
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGACCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATG
EST: gi|213587487|gb|DB979107.1|DB979107
EST:     TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCT                         GTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG
genomic: TATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgt ... gctgctatagGTATTGAGTGCCAGGCCAACCAGGCTAGCGCCACTAGCGAGGAATGCACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATATTGTTGTGGATAATTGCGCTATTTGCCGCAACCATATCATGGATCTCTgtaagcgtgttaattcaagttattttgtgtttgtgtgaattgtcattgctccaagaaaatgacctaattcgatttgactttggatgctgctatag

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