Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAGTGGAGAGTGATGTGGATGGGAATGACCCAGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttaccatttcccttttttcttaaattaatttctttttaattggttgacagaatgatgccctgatggtagtcattaatgtattcagaaagtgtttaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G20270.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G20270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0040g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TTCAGTGGAGAGTGATGTGGATGGGAATGACCCAGGAAAAGAGTGTGTTATATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttaccatttcccttttttcttaaattaatttctttttaattggttgacagaatgatgccctgatggt--agtcattaatgtattcagaaagtgtttaa
 || || ||  ||||| | ||  | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||  | |  | ||   ||| | ||         | |  | || ||    |  ||     ||    || |   | |  |||   |   ||| |    || | 
CTCTGTTGATGGTGATTTTGACAGCAATGATCCAGGAAAAGAATGTGTTATCTGCTTGTCGGAACCTCGGGACACAACTGTCCTTCCCTGTCGACATATGgtaagtgcattatcttgtttatttttgggatggctgtaataaaatgaggaagcgagaagggctaaaatagcccaatggttagc-tgcccagtattccttga-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016042|gb|CX702784.1|CX702784
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|7028672|gb|AW458455.1|AW458455
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|58023088|gb|CX709829.1|CX709829
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|10252634|gb|BE820400.1|BE820400
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|31458541|gb|CD400569.1|CD400569
EST:     ATGCTTGTCTAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: ATGCTTGTC-AGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|8284031|gb|BE021590.1|BE021590
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|298197059|gb|HO041802.1|HO041802
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCG
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCG
EST: gi|12688441|gb|BG154777.1|BG154777
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCC-CCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|51342142|gb|CO983403.1|CO983403
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|6455140|gb|AW185823.1|AW185823
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTGCGAAGGTTTTGAGGTTCCAGACAAATAGATGT
EST: gi|298163897|gb|HO013542.1|HO013542
EST:     TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATG                         TGTATGTGTAGCGGATGTG
genomic: TATGCTTGTCAGAGCCTCGGGACACAACTGTCCTTCCATGCCGCCACATGgtatttacca ... cttcttgtagTGTATGTGTAGCGGATGTG