Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCAATTTTGCATCTGGTCTTCTTAAATTGGGCCATAATGGAGATAGCCGTGTTGCCATTTTCTCTGATACCAGGGCTGAGTGGCTCATTGCCCTTCAGgtaaatttgctttatttgcattatatctccaagtcattccattaccttttggcttaactgttctgtattcacaaattttgatgaaattttttgctaaacttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G11700.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G11700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0057g01270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GTCCAATTTTGCATCTGGTCTTCTTAAATTGGGCCATAATGGAGATAGCCGTGTTGCCATTTTCTCTGATACCAGGGCTGAGTGGCTCATTGCCCTTCAGgtaaatttgctttatttgcattatatctccaagtcattccattaccttttggcttaactgttctgtattcacaaattttgatgaaattttttgcta--aacttcag
 | ||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||   ||| || |||||||||||| ||||||||   || ||   ||||   |   | |  |   | || |  | |  | ||| ||||   |  || || || | ||  || |    || | || |   ||  ||||
TTGCAACTTTGCATCTGGACTTATTAAATTAGGCCATAATGTAGATAGCCATGTTGCCATTTTTTCTGACACTCAGGCAGAATGGCTCATTGCCTTTCAGgtagccttcctgattttgatct---tttttagtacttttctctgctatgtggtttaaacatg-tgaatgcagacataatgctacccttatgtgtttctaaaatcag