Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTAAAATGAGAGAACGCCAGATGTGCAATGTTGTTTGTCGGCTAACTCTCAATGCAAAAACAGCTAGAgttttaggaaaagatagatgatgcatatcgagtgaacatgtaagtcactaatgtgaccttatgttttacttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G23900.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G23900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g38530.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTTAAAATGAGAGAACGCCAGATGTGCAATGTTGTTTGTCGGCTAACTCTCAATGCAAAAACAGCTA--GAgttttaggaaaagatagatgatgcatatcgagtgaacatgtaagtcactaat--gtgaccttatgttttacttag-----------------------------------
          |||| | | |||||||| |  |||| ||     ||||| |   ||  |||  ||| |  ||| |  ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||  |   ||  || |  ||    || |  |                                     
----------GAGAGCCCAAGATGTGCCAGATTGTCTGCAAATTAACTGTTGGTGAGAAAGAAGCAAAGGAGCTCAAGGAAAAGATAGAGGATGAATATCGTGTGAACATgtaagggatatataggtaatgttgcacttcaagtcacagtatcttccaaagtgacatgatttgttttgcag