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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCTGGTTTTACTTCCAAGAGCAAGTATATGTTTGGGAAAGTCACCATCCAGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaacaaatttcattcttaattcaattttttagtttattcattctcttaatctttaattaaatgcttgtcattataacaataatcaattaaatat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G10960.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G10960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0134g00160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CGCTGGTTTTACTTCCAAGAGCAAGTATATGTTTGGGAAAGTCACCATCCAGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaacaaatttcattcttaattcaattttttagtttattcattctcttaatcttta--attaaatgcttgtcat--tataacaataatcaattaaatat
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AGCTGGGTTTTCCTCCAAAAGCAAGTACATGTTTGGAAAGGTCAGTATTCAGATCAAGCTCGTGGAGGGCGACTCTGCTGGGACTGTCACTGCTTTCTATgtaagtagaatctcttggtctccccctccatcatcatgctttattatcatcttcatttttattaccaatttcatgtgttgatgtgatgtttacagctcac----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298170011|gb|HO018635.1|HO018635
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|16996842|gb|BM086214.1|BM086214
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|18692967|gb|BM521815.1|BM521815
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|21285451|gb|BQ473322.1|BQ473322
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|151412036|gb|EV280813.1|EV280813
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|7685640|gb|AW756288.1|AW756288
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTATGATTTTGAGTTTCTACGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|6718493|gb|AW306140.1|AW306140
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|58023498|gb|CX710239.1|CX710239
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTNTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|192329707|gb|FK023281.1|FK023281
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|33390536|gb|CA853731.1|CA853731
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|192308113|gb|FK000441.1|FK000441
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|20207696|gb|BQ133785.1|BQ133785
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|18041112|gb|BM309406.1|BM309406
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|192294847|gb|FG987536.1|FG987536
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|16996719|gb|BM086091.1|BM086091
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|7796811|gb|AW782205.1|AW782205
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|21285417|gb|BQ473288.1|BQ473288
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|19345766|gb|BM890646.1|BM890646
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|24137045|gb|BU927555.1|BU927555
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
EST: gi|27445903|gb|CA953026.1|CA953026
EST:     AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTAT                         ATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC
genomic: AGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaac ... tgtgacgtagATGTCATCGGACGGTCCAAACCACAACGAGTTTGATTTTGAGTTTCTAGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CGCTGGTTTTACTTCCAAGAGCAAGTATATGTTTGGGAAAGTCACCATCCAGCTTAAGCTTGTGGAAGGTGACTCTGCTGGAACAGTCACTGCTTTCTATgtaagtcaacaaatttcattcttaattcaattttttagtttattcattctcttaatctttaattaaatgcttgtcattataacaataatcaattaaatat

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